持っているポケモンの一覧画面で、ポケモンを長押しすると博士に送るポケモンを複数選択できるようになります。
しかし、特別なポケモンについてはまとめて送ることができません。
そんなときは、普通にポケモンを選択して右下のメニューをタップして、博士に送るを選んでください。2回送るかどうかの確認が出てきますので、博士に送ることを承認すると無事送ることができます。
特別なポケモンを博士に送る方法＠ポケモンGO攻略 
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